几千年前，灵芝已经被我国医学家做药用了，《神农本草经》约见于公元前一世纪左右，是我国最早的药学专著，也是最早论及灵芝的药学著作，此书收载种中药，并分为上、中、下三品。上药“主养命以应天，无毒，多服，久服不伤人”，皆为有效、无毒者。
《神农本草经》将灵芝分为赤芝、青芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝共6类，皆被列为上品。
赤芝
味苦，平。主胸中结，益心气，补中，增智慧，不忘。久食，轻身、不老、延年、神仙。
黑芝
味咸，平。主癃，利水道，益肾气，通九窍，聪察。久食，轻身、不老、延年。
青芝
味酸，平。主明目，补肝气，安精魂，仁恕，久食，轻身、不老、延年、神仙。一名龙芝。
白芝
味辛，平。主咳逆上气，益肺气，通利口鼻，强志意，勇悍，安魄。久食，轻身、不老、延年、神仙。一名玉芝。
黄芝
味甘，平。主心腹五邪，益脾气，安神，忠信和乐。久食，轻身、不老、延年、神仙。一名金芝。
紫芝
味甘，温。主耳聋，利关节，保神，益精气，坚筋骨，好颜色。久服，轻身、不老、延年。一名木芝。生山谷（旧作六种，今并）。
此后，随着中医药学的不断发展，东晋葛洪的《抱朴子》、唐朝苏敬的《新修本草》、梁代陶弘景的《神农本草经集注》和《名医别录》以及明朝李时珍的《本草纲目》等著作均在《神农本草经》的基础上进一步补充、修正了有关灵芝的论述。
现代灵芝的研究方向
近代以后，西医东渐的浪潮给传统中医的发展带来了旷古未有的巨变。人们开始用科学的实验室和临床研究方式探索灵芝的药用价值。
主要研究方向涉及肿瘤、心脑血管疾病、亚健康等多个威胁人们健康生活的领域。经过对各种研究数据的分析，取得了丰富的成果。
“现代医学研究认为，灵芝及其提取物具有多种药理作用，如：抗肿瘤、增强免疫功能、降血糖、保肝、抗衰老、抗炎、抗凝血等。其中，报道最多的是灵芝多糖的抗肿瘤、抗衰老和免疫调节作用，以及灵芝酸的降血压、降血液粘稠度、降低血栓形成及促进血液循环等作用。”
——何伯伟.《灵芝问》
中西医结合解读《神农本草经》
《神农本草经》是古代医药学家科学实践的基础上总结出来的，“神农氏尝百草，一日遇七十毒”的传说就是这一过程的真实写照。《神农本草经》中对灵芝药性和主治的论述也是在临床时间的基础上得出的。灵芝的中西医结合研究的目的之一，就是试图用现代科技方法去研究和阐明中医论述灵芝的实质，并进一步发扬光大。
目前，灵芝的中西医结合研究已有了许多成果，如药理研究证明，灵芝有强心作用、抗心肌缺血作用、改善心肌微循环作用及调节血脂作用等，并被用于治疗高脂血症和冠心病，这可能与灵芝（赤芝）“益心气”，主治“胸中结”的论述有关。而《神农本草经》中关于灵芝“安神”、“安魂”、“增智慧，不忘”的论述恰与现代研究证明的灵芝有镇静作用、提高学习与记忆能力，可治疗神经衰弱、失眠和增强记忆力一致。灵芝的抗氧化清除自由基作用和抗衰老作用及其在中老年保健中的功效更是证明了《神农本草经》关于灵芝“久食轻身不老，延年神仙”的论述。灵芝的“补中”、“益气”则涉及更广泛的作用，包括调节免疫功能、提高机体重要器官系统如心、肺、肝、肾等的功能。在此基础上总结出的灵芝“扶正固本”作用与稳态调节的关系指出，灵芝通过其神经-内分泌-免疫调节作用，维持机体内环境的稳定，提高机体适应内外环境变化的能力，保持健康。
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